Algunos elementos de la tracería, zócalo y flores de lis aplicadas en el fondo se han perdido, así como los brazos de María Magdalena, que dejan observar así la forma de unión, mediante espigas de madera introducidas en los dos lados a unir. La policromía también ha sufrido algunas alteraciones, con pérdidas generalizadas, muy importantes en el fondo azul de la caja y en las pinturas de las puertas. El marco rojo ha recibido parcialmente un nuevo estrato de pintura roja.
El retablo ha sido restaurado en el Centro de Conservación y Restauración de Bienes Culturales de Castilla y León, de 1999 a 2001. Recibió tratamiento de anoxia, limpieza, fijado de color, consolidación, unión de fragmentos, sujeción de piezas cerámicas, tratamiento cromático de pérdidas de color y aplicación de protección final.