Aunque se ha sugerido que algunos detalles remiten a la arquitectura cisterciense del siglo XIII, la mayor parte del edificio actual datará del cambio de los siglos XV y XVI, momento al que corresponden los apoyos fasciculados, la decoración de los capiteles, el vano de asiento junto al coro, el sepulcro de arcosolio o la portada.
A principios del siglo XVI se comenzó a abovedar el templo, pues la venta del terreno de las capillas abiertas en el primer tramo pretendía obtener beneficios para cubrir el presbiterio. Hacia 1530 se construyó el coro, financiado por la familia Aguirre y en 1574 se contrataba el retablo mayor con Juan de Anchieta.
En el siglo XVII se abrieron nuevos ventanales y se reconstruyó la sacristía y a finales del XIX se realizó el nuevo pórtico neogótico.