Los relieves y las tallas del calvario han tenido diversas intervenciones de conservación-restauración y mantenimiento en los últimos años. Una primera limpieza sobre las tallas del calvario tuvo lugar en 1998 con ocasión de la muestra Mercaderes y Cambistas celebrada en el Museo de las Ferias. En 2006, la empresa Alfagía Conservación de Bienes Culturales, bajo la dirección de Diputación de Valladolid llevó a cabo una restauración completa del retablo, con desmontaje y tratamiento antixilófagos, consolidación del soporte y de los estratos pictóricos, limpieza, eliminación de repintes, reintegración cromática y protección final en las pinturas sobre tabla. También se confeccionaron las hornacinas centrales del banco y primer piso. En su configuración actual sobre el compartimento del santo titular se ha dispuesto una Virgen con el Niño renacentista que nada tiene que ver con el retablo original.
Los relieves de la predela se hallan deteriorados, con encarnaciones muy desgastadas, prácticamente perdidas en algunos casos, abrasiones en esgrafiados y restos de repolicromados en numerosos puntos.