La parroquia de San Pedro de Artajona es un templo con planta de cruz latina, crucero y cabecera recta que consta de una única nave a la que se abren cuatro pequeñas capillas rectangulares. Su aspecto actual se debe a una importante reforma de gusto neoclásico que tuvo lugar en 1862. Ésta intervino sobre un edificio de estilo gótico, que contaba con tres naves, y del que sólo se conservan la torre, la escalera por la que se accede a ella y dos portadas apuntadas, una abierta a los pies y otra en el lado del evangelio, fechadas ambas a finales del siglo XIII, pero alteradas posteriormente.
Aquel templo, documentado al menos desde 1325, vino a sustituir a una primitiva y modesta iglesia dedicada a San Juan, construida fuera del recinto amurallado, que ya había desaparecido para entonces. El tríptico de la Epifanía no se expone actualmente al culto, salvo en ocasiones puntuales, custodiándose en la sacristía.