El retablo de la Pasión de Cristo estuvo ubicado inicialmente en una capilla fundada hacia 1494 por Pedro Ibáñez de la Renteria y su mujer Catalina de Gabiola, bajo la advocación de San Gregorio Nacianceno. Se abría ésta al segundo tramo de la nave del evangelio, por el arco ocupado con una talla de la Inmaculada Concepción, justo enfrente de la dedicada a Santa Ana, donde hoy se encuentra; ambas debieron de ser muy similares pues cuando en 1500 se autorizó la construcción de ésta última se hizo con la condición de que se edificase “ni más ni menos” que como aquella.
El espacio que lo albergaba en origen desapareció con la reforma realizada en el templo entre 1881 y 1883, cuando se construyó la girola y el pórtico actual. Probablemente fue entonces cuando el retablo se trasladó a la capilla de la Vera-Cruz, donde se localizaba al menos desde 1934. Tras la guerra civil sus elementos arquitectónicos fueron parcialmente reparados. En 1958 ya se encontraba en su actual ubicación.