El retablo de San Pedro de Orduña consta de un banco con cinco compartimentos, el central algo más del doble de ancho que los laterales, y un cuerpo de tres calles y dos pisos con compartimentos más anchos y altos en la principal, lo que genera un perfil escalonado y recto. Delimitan las calles dos esbeltos pilares rematados en pináculos que acogen figuras de ángeles realizadas en la reforma del siglo XIX, momento en el que también se añadió un sotabanco con sagrario y un marco tallado.
Los compartimentos se enmarcan por arquillos cairelados rebajados en el banco y de medio punto y con las enjutas caladas en el cuerpo, desarrollando un espacio-capilla mediante paneles de tracería en el fondo y cubiertas abovedadas al interior.
La talla titular se cubre con un dosel hexagonal que se proyecta hacia el frente, como la repisa de apoyo, elementos que niegan la posibilidad de que estuviese dotado en origen de puertas de cierre, como se ha llegado a sugerir en alguna ocasión.