El retablo de La Lamentación sobre Cristo Muerto estuvo en origen en la capilla de la Catedra de San Pedro de Antioquia, fundada por Don Pedro de Mutiloa a principios del siglo XVI. Este espacio, que también contaba con un sepulcro tardogótico y una reja, se encontraba en el antiguo claustro de la iglesia, desaparecido a mediados del siglo XVIII, al levantarse la capilla de la Virgen del Camino, trasladándose el sepulcro de los Mutiloa (y presumiblemente el retablo) al pórtico del templo. Allí permaneció hasta 1906 cuando de nuevo cambió de emplazamiento para ubicarse en la capilla de la Purísima Concepción, donde aún permanece la sepultura, en la que figura una inscripción que la data en 1506.
En 1916 se realizó el actual retablo de la Purísima, por lo que el relieve flamenco debió de separarse del sepulcro al que estaba vinculado, desplazándose a su actual emplazamiento, el retablo de El Santo Cristo, una obra neogótica de Artieda y Arteta, realizada entre 1917-1918.