Algunos elementos de la tracería, rosetas y flores de lis aplicadas se han perdido, así como ciertas cabezas, manos y brazos, que dejan observar así la forma de unión, mediante espigas de madera introducidas en los dos lados a unir. La policromía también ha sufrido algunas alteraciones, con pérdidas generalizadas, más importantes en ciertas zonas, como por ejemplo en el rostro de San Juan. El marco rojo ha recibido parcialmente un nuevo estrato de pintura roja.
El retablo ha sido restaurado en el Centro de Conservación y Restauración de Bienes Culturales de Castilla y León, de 1999 a 2001. Recibió tratamiento de anoxia, limpieza, fijado de color, consolidación, unión de fragmentos, sujeción de piezas cerámicas, tratamiento cromático de pérdidas de color y aplicación de protección final.