El retablo ha llegado hasta nuestros días incompleto. En fecha desconocida su estructura fue transformada significativamente, eliminando las puertas pintadas y/o esculpidas y la predela, recortando los laterales, e invirtiendo las escenas de la Ultima Cena y Pentecostés (de derecha a izquierda). Al mismo tiempo, y para unir el conjunto que había perdido sus sujeciones originales, se añadieron diversos elementos. Ya en 1931, el retablo fue objeto de un enmascaramiento neogótico y se le agregó una bancada y un remate superior.
En cuanto a la policromía, la primera actuación, de cierta calidad, afectó exclusivamente a la escena central, repolicromándose todas las encarnaciones. A lo largo del siglo XIX, una nueva intervención, burda y pobre de materiales, cubrió de repintes la casi totalidad de las esculturas y la mazonería del retablo, desvirtuando su colorido y embotando sus volúmenes. La intervención efectuada por ALBAYALDE en 2009-2010 ha permitido acercarse en lo posible a su estado original.