Bajo el zócalo calado del retablo flamenco se desarrolla un panel de madera de pino tallado y policromado, ejecutado localmente con la intención probable de ocultar el ajuste con el muro. Algunas figuras se han perdido, así como fragmentos de ciertos volúmenes, y dos pequeñas tallas del cuerpo central son de factura posterior.
Ciertas intervenciones ulteriores ocultan la policromía original: es el caso de los mantos de los donantes, el manto de Cristo en la hornacina central y los paisajes de casas en el fondo de varias escenas, entre otros. En los años 40 del siglo XX se debieron reconstruir varias piezas de arquitectura, y en 1988, con ocasión de la exposición "El arte en la Iglesia de Castilla y León" en la Catedral de la Asunción de Valladolid se intervino sobre la escena de la Lamentación. Ya en 1992, se llevó a cabo una intervención de restauración in situ por la empresa IKONO∑.