La policromía visible en los relieves del retablo mayor no es contemporánea de la talla y es de escasa calidad, mostrando colores planos y apastelados en tonos verdes, rosas, blancos y ocres, que alternan con rojo y azul intenso. El aparejo es muy grueso y recubre en su totalidad el colorido subyacente (salvo quizá en las encarnaciones), ocultando incluso zonas de bol y madera y embotando considerablemente los volúmenes. Pérdidas de soporte en dedos, manos y rostros se disimulan bajo la repolicromía. El dorado y plateado decora jofainas, vasijas y candelabros, mientras que las vestimentas y tocados ofrecen orlas en dorado bruñido.
Probablemente los relieves y tallas de los retablos laterales tuvieron un aspecto similar al descrito hasta época reciente. Actualmente, restos de repintes antiguos y añadidos de nueva factura conviven con zonas de policromía original. En esta última predominan el dorado bruñido, el azul de azurita y la plata con lacas rojas, verdes y tal vez pardas.